Comentario
Poco se innovó en materia de colegios, que siguieron en manos de religiosos. El vacío dejado por los jesuitas tras su expulsión intentaron llenarlo con menos éxito los franciscanos, dominicos y agustinos. A fines del siglo XVIII se advierte, no obstante, una preocupación de los cabildos de algunas capitales por la enseñanza primaria pública, nombrando maestros de primeras letras que enseñaban a niños procedentes de familias de muy diversos estratos sociales. La de Simón Rodríguez en Caracas, a la que asistió Bolívar, es buen ejemplo de ello. Sabido es que Rodríguez redactó un plan de reforma de la escuela primaria que presentó al Cabildo de Caracas en 1794. En el campo de la educación femenina destacaron las fundaciones de los colegios de Las Vizcaínas en México y de La Enseñanza en Bogotá, para hijas de buena familia.
La educación superior se completó con la fundación de tres grandes universidades en La Habana (1728), Caracas (1721) y Santiago de Chile (1738). Hubo también universidad en Guadalajara de México (1792) y en León de Nicaragua. De menor importancia fueron las de Mérida de Venezuela (1810) y Oaxaca, creadas por sus seminarios, que otorgaron grados menores. También se fundó la de Buenos Aires, pero no llegó a funcionar en la colonia. Por privilegios de la Compañía de Jesús surgieron otras menores como las de Popayán, Panamá y Concepción (Chile). Tras la expulsión de los jesuitas, la Corona pretendió transformar sus universidades en reales, con nuevos planes de estudio. No lo logró y al cabo tuvo que entregar la mayor parte de ellas a las otras órdenes, como las de Santo Domingo y San Francisco (ésta se encargó de la Universidad de Córdoba, en 1767). En cuanto a los Colegios Mayores, entraron en decadencia, si bien continuaron funcionando.
Las universidades fueron centros de gran agitación intelectual. Aparte del choque de ideas producido en Filosofía entre el escolasticismo, los jesuitas y los "novatores", introducidos de la mano de la escuela del Oratorio de San Felipe Neri, se produjo a fines de la colonia cierta aversión a la Escolástica, cuyo estudio sostenía el despotismo. El expurgo de obras jesuíticas de las bibliotecas, decretado por la Corona, motivó un nuevo interés por Suárez y Vitoria. También empezaron a leerse con interés los enciclopedistas franceses (Voltaire, Rousseau, D'Alambert, etc.), tan pronto como fueron prohibidos por la monarquía, a raíz de la ejecución de Luis XVI. Más indiferentes, por no estar prohibidos, eran Descartes y Leibnitz.
Lugar importante en los estudios universitarios ocuparon los llamados saberes útiles, entre los que figuraban las Matemáticas (se estudiaban teorías copernicanas y de Newton) y la Medicina, de las que se dotaron cátedras y a veces las dos de prima y de vísperas (la Universidad de México tenía cuatro de Medicina). Mutis intentó fundar una Facultad de Medicina en Bogotá, con la anuencia del virrey. La Anatomía tenía una connotación inferior por haber sido ocupación de cirujanos y barberos, pero era practicada usualmente en los hospitales. En México, se creó en 1768 el Real Colegio de Cirugía con cinco cátedras, y en Lima, Unanúe fundó el Anfiteatro Anatómico. En el Río de la Plata sólo pudo fundarse el Protomedicato en 1798. Rezago de tiempos pasados eran las cátedras de lenguas indígenas, de las que había dos en la Universidad de México: una de Náhuatl y otra de Otomí. En cuanto a la enseñanza, era fundamentalmente memorística, vicio que se seguía hasta en la forma de acceso a las cátedras. Se intentó modificarla, pero sin éxito.
La Corona proyectó otra enseñanza utilitaria al margen de la universidad como la realizada en los Colegios de Minería de México y Lima, en las Academias de Artes (las artes eran consideradas útiles) de San Carlos de México (1785), Guatemala (1797) y Santiago de Chile, en las que se estudiaba arquitectura, escultura, pintura y grabado, o en la Academia de Náutica de El Callao (1794), a la que siguió otra en Buenos Aires, fundada por el Consulado de dicha ciudad. En el Convictorio de San Carlos de Lima, creado por el virrey Amat para sustituir al antiguo colegio jesuita de San Martín, recibieron enseñanzas científicas los jóvenes que realizarían la transición al nuevo sistema republicano.